La antigua población de Pinos Puente se cree que estaba ubicada en el actual Cerro de los Infantes, al oeste de la actual situación y conocida como Ilurco, junto a la cuesta de Velillos.

Se han encontrado aquí restos de la época del bronce y del hierro pero la mayoría de monedas e inscripciones nos hablan de esta como una ciudad romana que junto con Iliberis (actual Granada) eran de las más importantes de la región. El municipio romano se fundó en el siglo I a.c. y subsistió hasta el siglo IV. Acuñó moneda propia y contaba con cargos de importancia.

Edad Media

Por otro lado, en la Edad Media pudo existir un castillo árabe llamado Belillos en el que se dieron frecuentes enfrentamientos entre musulmanes y cristianos. El Cerro de los Infantes toma su nombre de un hecho histórico sucedido en el 1319 cuando los infantes de Castilla Don Pedro y Don Juan, tutores del Rey Alfonso XI fueron atacados por las huestes de Abul-Ulá, los infantes murieron en extrañas circunstancias cuando intentaban detener la desbandada de sus hombres por las acequias del Genil donde muchos murieron ahogados, esto se describen en las Crónicas de Alfonso XI en su capítulo XVII. En esta época se tienen muchos escritos que hablan del Puente de Pinos como lugar de paso muy habitual de donde vendrá el nombre de la población actual.

Según la crónica de Henríquez de Jorquera en el siglo XVII, contaba con 80 casas, una parroquia, dos ermitas, y estaba gobernado por un alcalde ordinario y regidor añales.

Fue tomada por los Reyes Católicos. En tiempos inmediatamente posteriores “El Puente de Pinos” pasa a denominarse “Señorío de Pinos”.

Ya en 1642, el señorío pasa a ser propiedad del Duque de Abrantes, del que se conserva un viejo caserón-palacio en la plaza, junto a la Iglesia Parroquial.

En 1561 Felipe II lo pobló de cristianos tras la expulsión de los moriscos.

Finalmente, hasta bien entrado el siglo XIX el pueblo es propiedad de los Abrantes. Paulatinamente y a través de varias cesiones y compras del terreno, van perdiendo las posesiones pasando a manos de particulares.