Su nombre procede de “Columbaira”, que significa tierra de palomas, sin embargo los árabes la llamaban Granada la Chica, e hicieron de ella una de las siete fortalezas del Reino de Granada.
Además, su origen se remonta a la época de los visigodos, siglo VII. Según puede comprobarse por la necrópolis encontrada en el Cortijo del Chopo. Pero también se podría decir que Colomera existía en el siglo II, a juzgar por los muros del poblado romano encontrados frente a dicho cortijo o si observamos el puente romano.
Durante los siglos XIII, XIV y XV estaba dividido en tres núcleos de población, Colomera, donde vivía la aristocracia, Berbes, ocupada por los labradores de mayor renta y las Mesas, donde vivían los más modestos y los cristianos, entre ellos Juan Alonso de Rivas, a quien la noche del 11 al 12 de agosto de 1227 se la apareció la Virgen de la Cabeza.

Reyes Católicos

Fue conquista en 1486 por los Reyes Católicos, quienes la repoblaron con cristianos.

Ya Henríquez de Jorquera nos habla de Colomera, localizada a cuatro leguas al norte de Granada, que contaba con un fuerte castillo, con una parroquia y tres ermitas, siendo una de las “Siete Villas”, más importantes, razón por la cual, Colomera y estas otras “Seis Villas” (Montefrío, Guadahortuna, Iznalloz, entre otras), cuenta con magníficas iglesias construidas en el siglo XVI por Diego de Siloé. En esta época Colomera gozaba de una gran importancia, llegando a poseer Tribunal Vicario y a construirse un hospital en 1541, debido a su economía floreciente se le llamó la tierra de las cinco “pes”: Pan, Peces, Perniles, Peras y Perdices.

Por otro lado, en el siglo XVIII, año 1785, Colomera fue Alcaldía de corregimiento de la Real Chancillería, que comprendía los pueblos de: Montejicar, Guadahortuna, Torrecardela, Moreda, Puerto Lope, Moclín, Tózar, Limones, Tiena, Los Olivares y Trujillo. Montillana fue anejo de Colomera hasta 1836.

En 1736, un fuerte desprendimiento de la roca donde se encuentran los restos del castillo, dio lugar a un traslado parcial del mismo.
En 1927 se descubrió un meteorito que actualmente se encuentra expuesto en el Museo de Ciencias Naturales de Madrid.